一个生态群落的多样性,有两个根基的目标。
别的还有个名词是品貌(abundance),是每个物种数目的表征,权衡生态群落的根基元素 举个离子,假定以财富为研讨工具。 A地域有甲乙丙三小我,甲有1元钱,乙有2元钱,丙有1.5元钱 B地域有丁戊己三小我,丁有1元钱,戊有100元钱,己有1个亿 那末A和B两个地域的财富丰富度是一样的,都即是3;可是均匀度是分歧的,由于B地域的贫富差异要远大于A地域,所以A地域的均匀度要高于B地域。 言归正传,再来个例子; A地:牛10头,马10匹,羊10只 B地:牛2头,马100匹,羊1000只 C地:牛5头,马5匹,羊5只 Shannon的计较方式是
每个地域的Shannon指数H H(A) = -(1/3 * ln(1/3) + 1/3 * ln(1/3) + 1/3 * ln(1/3)) = 1.098612 H(B) = 0.3116287 H(C) = 1.098612 Simpson的计较方式是 n:每个物种的数目;N:某个地域/样本中的一切物种数目 D(A) = 0.3103448;D(B) = 0.8330443; D(C) = 0.2857143 Pielou的计较方式是 H:就是上面计较的Shannon指数 S:species richness,每个物种的丰富度 J(A) = 1; J(B) = 0.2836567; J(C) = 1 总的来说:
R代码以下: a <- c(10, 10, 10)b <- c(1, 100, 1000) c <- c(5, 5, 5) Shannon.H <- function(spe_vec){ rela <- spe_vec / sum(spe_vec) plnp <- sum(rela * log(rela, base = exp(1))) return(-plnp) } Shannon.H(a) Shannon.H(b) Shannon.H(c) Simpson.D <- function(spe_vec){ return(sum(spe_vec * (spe_vec - 1)) / (sum(spe_vec) * (sum(spe_vec) - 1))) } Simpson.D(a) Simpson.D(b) Simpson.D(c) Pielou.J <- function(spe_vec){ return(Shannon.H(spe_vec) / log(length(spe_vec > 0))) } Pielou.J(a) Pielou.J(b) Pielou.J(c) |